自唐宋就實行羈縻統治。

宋大觀元年（1107年）始置。

元至元十六年（1279年）改為安定縣。為曉愛瀘洞赤溪等處、卑帶洞大小田等處；德明洞、禿羅等蠻夷長官司地，屬思州軍民安撫司。

明洪武五年（1372年）置邛水、得民、曉益、陂帶、團羅五長官司；二十五年（1392年）并為邛水一十五洞蠻夷長官司，屬思南宣慰司；永樂十二年（1414年）以邛水一十五洞蠻夷長官司隸鎮遠府。

清雍正十年（1733年）改設邛水縣丞，為鎮遠分縣。雍正十二年（1734年）添設鎮遠縣丞一員分駐邛水司地。

民國二年（1913年）以邛水縣丞地置邛水縣，屬黔東道；十三年（1924年）改靈山縣；十六年（1927）易名三穗縣。相傳縣城附近稻田中，一株水稻并出三穗，故名。

1950年，屬鎮遠專區。

1956年，劃入黔東南苗族侗族自治州。

1958年，撤銷三穗縣，并入鎮遠縣。

1962年，恢復三穗縣。

1958年12月20日，國務院全體會議第82次會議決定：撤銷岑鞏、三穗2縣，將原2縣的行政區域全部劃歸鎮遠縣。

1962年10月20日，國務院全體會議第117次會議決定：恢復三穗縣，以合并于鎮遠縣的原三穗縣行政區域為三穗縣的行政區域。

1996年，三穗縣轄5個鎮、4個鄉。縣政府駐八弓鎮。

截至2013年，三穗縣轄5個鎮、4個鄉：八弓鎮、臺烈鎮、瓦寨鎮、桐林鎮、雪洞鎮、滾馬鄉、長吉鄉、款場鄉、良上鄉。 159個村，5個居民社區。